Về Phan Thanh Giản, tác hại của việc ông làm, những tư liệu lịch sử rất phong phú còn rành rành ra đó, đặc biệt thư tịch nằm trong các kho lưu trữ ở mẫu quốc Pháp còn phong phú hơn trong các thư khố nước bản xứ một thời vong quốc.
Có thể lược sử con người này như sau: Ông là người Lục tỉnh Nam kỳ đầu tiên đỗ Tiến sỹ năm Bính Tuất (1826), được các vua tiền triều nhà Nguyễn quan tâm ưu ái ngay từ lúc mới nhập triều. Làm đại quan hơn 40 năm (1826-1867) qua ba đời vua Minh Mệnh, Thiệu Trị và Tự Đức. Ngược tới vua Gia Long có thể coi là thời kỳ hưng vượng nhất của vương triều Nguyễn – một nhà nước phong kiến tập quyền độc lập, cai quản một quốc gia thống nhất từ Bắc vào Nam trong điều kiện tương đối yên ổn không có họa ngoại xâm. Thế nhưng Phan Thanh Giản lại là người có công đầu với nước Pháp trong việc dối vua lừa dân, tích cực triệt tiêu lực lượng kháng chiến và tinh thần quật khởi của nhân dân ta. Ngay từ buổi đầu đã đứng về phái chủ hòa dẫn tới chủ hàng. Từ việc lược quyền vua ký hàng ước nhục nhã 1862 để mất ba tỉnh miền Đông đến việc thông đồng với giặc, năm 1867 mở rộng cửa thành Vĩnh Long dâng nốt ba tỉnh miền Tây cho giặc, coi như xóa sạch công lao 300 năm các triều vua chúa Nguyễn mở mang bờ cõi ở phía Nam, đẩy nhanh quá trình xóa quốc danh Việt Nam trên bản đồ thế giới. Cái tội “mại quốc” cả trong sử sách và bia miệng lưu truyền không là quá đáng và không sao xóa được.
"Tháng 8 năm 1963 đã có một hội nghị chuyên đề lớn với sự đồng thuận cao của những nhà cách mạng và văn hóa, học giả lớn như Trường Chinh, Phạm Văn Đồng, Võ Nguyên Giáp, Trần Văn Giàu, Trần Huy Liệu, Nguyễn Khánh Toàn, Đào Duy Anh, Ca Văn Thỉnh… đánh giá tổng quát: “Để mất nước, các vua nhà Nguyễn là chính phạm, các triều thần trong đó có Phan Thanh Giản là đồng phạm".
Phan Thanh Giản đã giao 6 tỉnh miền Tây cho Pháp, thực dân Pháp cại trị Việt Nam gồm hai phần, Lục tỉnh Nam kỳ là của họ, còn lại với danh nghĩa do triều đình nhà Nguyễn quản lý họ thực hiện chế độ bảo hộ . Thực chất Nhà Nguyễn là bù nhìn, thực dân Pháp cai trị hết, nhưng về pháp lý, 6 tỉnh miền Tây đã được Phan Thanh Giản thay mặt triều đình Nhà Nguyễn ký giao cho Pháp.
Bản chất của con người Phan Thanh Giản đã bị nhà đại ái quốc Phan Bội Châu phanh phui: “Gan dê lợn mà mưu chuột cáo”! Thật vậy, chỉ sau bốn năm quân Pháp với lực lượng ít ỏi đánh chiếm Trung kỳ không được đành quay vào đánh chiếm mấy thành lũy phía Nam. Giữa lúc bị mắc kẹt ở mặt trận nam Trung Hoa, tư lệnh quân viễn chinh Pháp Bonard dùng kế hoãn binh, cho người ra Huế yêu cầu cử phái đoàn vào Nam hội nghị với yêu cầu bàn chuyện giảng hòa và Nam triều bồi thường chiến phí!
Tự Đức là ông vua nhu nhược chỉ quẩn quanh với mấy vần thơ phú và chăm lo việc xây lăng tẩm cho mình, ngay từ đầu đã chao đảo nghiêng về phái chủ hòa nên khi quân Pháp yêu cầu nghị hòa thì vua sung cho Phan chức “Nghị hòa chánh sứ” cùng Binh bộ thượng thư Lâm Duy Hiệp làm phó sứ.
Trước khi đi thương nghị, Phan-Lâm được vua Tự Đức ban ngự tửu và tuyên chỉ: “Phàm mọi chi tiết như thù đáp giao ước về việc nghị hòa cần phải cẩn thận. Thêm nữa nên cố gắng đạt đến việc đình chiến, ngõ hầu xứng đáng với nhiệm vụ khanh được giao phó”. Nhà vua gửi gắm cả vận mệnh quốc gia với mệnh đế vương của mình vào tay viên cận thần già tin cẩn: “Đất nước hôm nay đang bị dồn vào ngõ cụt khó khăn. Muốn đưa nó thoát ra, chỉ có bàn tay của những người tôi trung tài năng tận tụy. Đừng vì một sự yếu đuối hay vội vàng nào đó mà làm thiệt hại đến vận mệnh và danh dự của cả giang san đang được giao phó vào tay các khanh. Cầu mong cho các khanh được sớm trở về đầy vinh quang vì đã bảo vệ danh dự của non sông và giữ gìn được sự vẹn tròn lãnh thổ!”
Một tháng sau, bầy tôi trở về với bản hòa ước trong tay gồm 12 điều khoản, trong đó khoản 3 ghi rõ ba tỉnh miền Đông là Biên Hòa, Gia Định, Định Tường và đảo Côn Lôn được nhượng đứt cho nước Pháp cùng những điều khoản bồi thường bất công rất chi là nhục nhã! Ngay lập tức nhân dân cả nước phẫn nộ kết tội “Phan-Lâm mại quốc” và các phong trào yêu nước tiếp nhau nổi lên chống Pháp đều coi việc làm của Phan như một vết nhơ lịch sử! Người phương Nam đương thời để lại câu ca dao lưu truyền trong dân chúng: “Thà thua xuống láng xuống bưng / Kẻo ra đầu giặc lỗi chung quần thần”. Vua Tự Đức than trời: “Ôi! Con dân mấy triệu, tội gì mà khổ thế? Thật là đau lòng. Hai người không những chỉ là tội nhân của triều đình mà còn là tội nhân muôn đời của hậu thế”!
Vậy là chính những người đương thời từ triều đình tới thần dân đều đã công khai kết tội Phan-Lâm bán nước! Chẳng thể gọi là bị ép oan để bày chuyện chiêu tuyết cho con người ấy.
Trước sự đã rồi, vua và triều thần đành vớt vát bằng việc giao cho Phan cai quản Vĩnh Long và Lâm cai quản Khánh Thuận ở hai đầu giáp ranh ba tỉnh miền Đông để có điều kiện giao tiếp với người Pháp ở Gia Định, ngõ hầu bắc mối giao lưu thân thiện Đông-Tây, tiến tới có thể chuộc được lỗi lầm. Phan lại được vua giao làm Chánh sứ qua Y-pha-nho và Pháp xin chuộc lại những gì đã mất với lời ủy thác: “Đất ba tỉnh này là xương máu của dân, chuộc lại là chuộc tội cho ta để cho dân thỏa lòng nguyện vọng”. Phan hứa mập mờ: “Nếu có thể đem đổi ngói lấy vàng thì lúc nào thần cũng sẵn sàng”! Sau nửa năm chầu chực Pháp hoàng Napoléon III, dâng nhiều cống vật mà vẫn trở về trắng tay và bộc lộ ra tâm địa của viên quan bạc nhược trước sức mạnh của quân cướp nước: “Sự giàu có, mạnh mẽ và các việc khôn khéo của nước Pháp nói ra không hết”! Thì ra với Phan Thanh Giản “ngói” đây là mảnh đất ba trăm năm nhân dân ta cùng tiền triều nhà Nguyễn đổ bao mồ hôi xương máu dày công khai phá và “vàng” đây là sự yên ổn để vua tôi ngồi yên ghế vị mặc cho dân chúng lâm vào cảnh nô lệ điêu linh! Vì việc thương lượng với Pháp xin hồi lại đất không thành Phan Thanh Giản mới bị vua Tự Đức phạt tội “cách lưu”!
Năm 1865, trước tình hình nguy ngập, vua Tự Đức phục chức cho Phan Thanh Giản và sung Kinh lược sứ trấn ba tỉnh miền Tây với lời căn dặn: “Không khuất phục tình hình một cách thụ động!”. Suốt mấy năm được giao trấn thủ tiền phòng trong tình thế thịt treo trước miệng hổ vuốt mèo mà Phan không tỏ ra ăn năn chuộc lỗi tìm cách gỡ ra thế bí, trái lại tích cực hỗ trợ cho quân chiếm đóng mau chóng bình định mảnh đất phương Nam bằng những việc làm mà anh linh tiên tổ không thể dung tha như thẳng tay đàn áp và khống chế những thủ lĩnh nghĩa quân bất phục tùng thi hành hiệp ước! Một mặt chỉ điểm cho giặc về những người yêu nước, một mặt dâng sớ về triều xin trị tội, thuyên chuyển khỏi nơi cứ địa hoặc cách chức những chủ soái nghĩa quân như Trương Định, Trần Văn Thành, Trịnh Quang Nghị, Võ Duy Dương… đồng thời bắn tin cho giặc: “Bản chức sẽ không ngăn cản sự xâm lược bằng một sự kháng cự mà chúng tôi hiểu là vô ích” và nói hoạch toẹt ra: “Nếu quý quốc lấn tới, quả nhân không chống cự”! Đến khi thấy đoàn tầu thuyền nhà binh Pháp đậu kín trước thành Vĩnh Long “là một thành khá kiên cố, địa thế rất dễ phòng thủ” và tướng giặc cho người mang thơ nói toạc ra ý họ “quyết định chiếm ba tỉnh miền Tây Nam kỳ vì lý do các quan quân triều đình ở đây ủng hộ phong trào chống Pháp”. Phan ra lệnh không kháng cự và dẫn đám thuộc hạ xuống tầu trách yêu giặc “vin cớ nhỏ mọn mà làm tổn thương đại nghĩa” (!) và ngọt nhạt đẩy đưa: “Tôi có quyền giữ đất chớ không có quyền giao đất. Xin cho tôi hỏi lại ý kiến triều đình”! Lũ sài lang thừa dịp kéo vào chiếm thành mà không tốn một viên đạn! Sau đó quan Khâm sai viết công thư – thực chất là thư dụ hàng như ông đã từng làm mấy lần bất thành với Trương Định, gửi các quan tướng giữ thành An Giang và Hà Tiên với lời lẽ không tìm thấy ở đâu trong lịch sử: “… Người nào thuận theo lòng trời thì còn, người nào nghịch theo lòng trời thì chết mất. Chúng ta yếu ớt không thể chống nổi người Phú-lang-sa. Các quan văn cũng như các tướng võ hãy bẻ gãy giáo gươm và giao thành trì khỏi chống lại”! Ông ta biện lẽ: “Bản chức tùy theo thiên ý mà tránh đỡ giùm dân đen tai họa rớt trên đầu họ” và khuyên dụ dân hãy tin vào giặc vì “những người này chỉ đáng sợ trong lúc chiến tranh mà thôi”! Đó là sự dối trời lừa dân có một không hai. Thế là chỉ trong năm ngày cả ba tỉnh thành hừng hực khí thế chống ngoại xâm bỗng lọt vào tay giặc! Chẳng những Phan đã ngoan ngoãn giao thành, lại còn lệnh cho thuộc hạ mở rộng cửa kho và ngân khố lấy lúa gạo và tiền nộp thêm cho quân phản phúc gọi là thanh toán bồi thường năm năm chiến phí theo cái gọi là hòa ước 1862!
Bốn tháng sau, vua Tự Đức ra chỉ dụ giao cả cho Tôn nhân Phủ và đình thần xem xét công tội để bàn định việc xử trí. Bản án ngày 17/4/1868 triều thần nghị xử rằng: “Viên Khâm lược sứ với trách nhiệm giữ gìn đất đai mà lại ươn hèn đến thế, sẽ phải phân biệt xử trị để răn khí tiết bề tôi và để nhân tâm có bề phấn chấn mới phải. Trước hết cách chức và truy thâu lại phẩm hàm và ghép vào tội xử trảm giam hậu”. Cùng năm đó vua Tự Đức bút phê “truy đoạt chức tước, phẩm hàm và đục bia Tiến sỹ, để lại muôn đời cái án trảm hậu” với Phan Thanh Giản!